決済システム利用料を代金に上乗せして顧客に請求してもよい？

いいえ、利用規約違反となるため請求できません。

PayPayを利用することで加盟店側に発生する決済システム利用料などの手数料を、顧客であるPayPayユーザーに負担させる行為は、利用規約上の禁止事項に定められています。

詳しくは利用規約を確認してください。