JPQR経由で申し込まれた契約の決済システム利用料は、以下で予定しております。
| 期間 | 決済手数料率 |
| 2020年7月1日~2021年3月31日 | 1.81%(税別) |
| 2021年4月1日~9月30日 | 2.36%(税別) |
| 2021年10月1日以降 | 2.95%(税別) |
JPQR経由で申込みされた契約の決済システム利用料と、PayPayに直接申し込みされた契約の決済システム利用料は異なります。
PayPayに直接申し込みされた契約の決済システム利用料は2021年9月30日まで無料です。
2020年4月1日以降、新たに加盟店になる年商10億円以上の法人の場合は有料です。